A Inquisição, como instituição da igreja, data o início da sua atividade a partir de 1215. O então Papa Inocêncio III, que aprovou os direitos e obrigações básicos dos inquisidores, está mais diretamente relacionado com a criação de um tribunal especial para a Igreja Católica. Vale dizer que a identificação e perseguição dos chamados "hereges" começou quase nos primeiros anos de surgimento da religião cristã e continua até hoje, é claro, não de uma forma tão sofisticada e radical como na Idade Média. A igreja cristã primitiva foi forçada a travar uma luta desesperada não apenas com oponentes externos (principalmente na pessoa dos imperadores romanos), mas também com contradições internas. Disputas sem fim entre representantes do mais alto clero cristão sobre o grau de santidade de certos textos, bem como divergências em sua interpretação, levaram, no final,à criação de um certo conjunto unificado de regras relativas ao clero. Com base nos ensinamentos apostólicos de São Paulo e nas revelações de João o Teólogo, os bispos trouxeram a doutrina da "verdadeira fé" comum a todos os cristãos, declarando todos os que não aderiram aos seus cânones como hereges e "perdidos".
No início do cristianismo, a punição máxima para um apóstata era a excomunhão. O primeiro caso de rejeição da propriedade de um herege em favor do clero foi registrado em 316. Poucas décadas depois, em 385, já havia sido executada a primeira sentença de morte sob a acusação de heresia. O escritor e filósofo cristão Prisciliano foi executado junto com vários seguidores de sua doutrina. Todos foram queimados na fogueira; não será supérfluo notar que Prisciliano pregava o ascetismo, o que não evitou que os fanáticos da "verdadeira fé" o matassem dolorosamente.
A partir do século XI, a perseguição e destruição dos hereges começaram a assumir um caráter de massa. Durante a época do famoso Frederick Barbarossa (de 1120 a 1190), um sistema para detectar crimes contra a religião foi desenvolvido e introduzido. Segundo ela, os condenados por comportamento impróprio em relação à igreja estavam sujeitos ao tribunal eclesial. Ao mesmo tempo, a denúncia foi amplamente utilizada e incentivada, especialmente quando se tratava de cidadãos ricos, cujas propriedades invariavelmente iam para o tesouro da igreja. Finalmente, em 1229, o Papa Gregório IX funda um verdadeiro tribunal eclesiástico, cujo propósito é designado "para identificar, prevenir e punir heresias." Posteriormente, em 1478, este órgão judicial foi transformado na chamada "Inquisição Espanhola", uma das formas mais radicais e selvagens de obscurantismo religioso.
Ao contrário da crença popular, os próprios inquisidores praticamente nunca participaram diretamente das execuções dos acusados de heretismo. Sua tarefa era, basicamente, determinar a culpa ou inocência de um determinado suspeito. Os acusados, na esmagadora maioria dos casos, foram submetidos a torturas sofisticadas, tentando arrancar confissões de atividades e crenças heréticas. No caso de um “herege” não morrer durante a tortura, confessar crimes contra a igreja e se arrepender deles, a punição da igreja (penitência) era imposta a ele. Se o acusado persistisse em negar sua culpa ou concordasse com apenas um ponto da acusação, rejeitando outros, ele era reconhecido como um "herege teimoso" e entregue ao tribunal secular. Portanto,os inquisidores se eximiram da responsabilidade pelo futuro destino da mão que caiu sobre eles e, formalmente, não exigiram sua condenação. No entanto, esse procedimento legal foi acompanhado pelo desejo das autoridades seculares de "punir o que mereciam", o que privou o acusado de qualquer esperança de leniência.
A Inquisição desempenhou o seu papel na famosa "caça às bruxas" que começou no final do século XV. Naqueles dias, uma onda de histeria varreu a Europa, associada a rumores da presença massiva de "servos do diabo" e "fez um acordo com Lúcifer" entre a população comum. Para ser justo, deve ser dito que embora a Inquisição estivesse empenhada em identificar bruxas, a maioria das sentenças de morte foram proferidas sem sua participação por tribunais seculares.
Os inquisidores não permitiam condenação sem julgamento, mas, ao mesmo tempo, quase nunca eram absolvidos. Uma pessoa acusada de heresia era a priori culpada, especialmente se sua propriedade fosse valiosa para os clérigos. Por esta razão, a Santa Inquisição Espanhola grassou especialmente nas ricas regiões da Europa, devastando e condenando o fogo de ricos habitantes da cidade, fazendeiros e mercadores, acusando-os de blasfêmia e adoração de espíritos malignos. Ao mesmo tempo, o depoimento oral de "testemunhas" foi suficiente para iniciar as acusações, e eles receberam uma pequena recompensa pela denúncia tirada da propriedade confiscada do acusado.
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De acordo com dados inexatos, o número de vítimas da Inquisição Espanhola em todo o período de sua atividade ultrapassa trezentas e quarenta mil pessoas, das quais cerca de trinta e dois mil foram queimados vivos. Mais de dezessete mil foram queimados após estrangulamento, o restante foi submetido a tortura, prisão e outras punições. Gradualmente, a instituição da Inquisição foi destruída em quase todos os países europeus, incluindo Espanha (em 1834) e Portugal (em 1820), onde sua influência foi especialmente forte. A organização com este nome existe há mais tempo em Roma, apenas em 1908 o nome da Sagrada Congregação da Sagrada Chancelaria foi rebatizado.
