Acredita-se que a primeira aplicação conhecida de criptografia seja o uso de hieróglifos especiais cerca de 4.000 anos atrás no Egito Antigo. Elementos de criptografia já foram encontrados nas inscrições dos Reinos Antigo e Médio, textos totalmente criptográficos são conhecidos desde o período da dinastia XVIII. A escrita hieroglífica, derivada da pictografia, era repleta de ideogramas e, por causa da falta de vocalização, possibilitou a criação de fonogramas segundo o princípio dos quebra-cabeças.
A criptografia dos egípcios não foi usada para dificultar a leitura, mas sim, com o desejo dos escribas de se superar em sagacidade e engenhosidade, bem como, com a ajuda de inusitado e mistério, para chamar a atenção para seus textos. Um dos exemplos ilustrativos são os textos de glorificação do nobre Khnumhotep II (século XIX aC) encontrados em uma tumba bem preservada nº BH 3 na área de Beni Hasan.
Os antigos egípcios usavam pelo menos três sistemas de criptografia.
Nos antigos textos indianos, entre as 64 artes, métodos de alteração do texto são nomeados, alguns deles podem ser atribuídos a criptográficos. O autor da tabuinha com a receita para a fabricação de esmalte para cerâmica da Mesopotâmia usou designações raras, omitiu letras e substituiu nomes por números para ocultar o que estava escrito. No futuro, há várias referências ao uso de criptografia, a maioria das quais relacionada ao uso em assuntos militares.
Com o advento da escrita fonética, a escrita foi imediatamente simplificada. No antigo alfabeto semítico do II milênio aC, havia apenas cerca de 30 caracteres. Eles denotaram consoantes, bem como alguns sons de vogais e sílabas. A simplificação da escrita trouxe o desenvolvimento da criptografia e criptografia.
Exemplos do uso de criptografia podem ser encontrados nos livros sagrados judaicos, incluindo o livro do profeta Jeremias (século 6 aC), onde um método de criptografia simples chamado atbash foi usado. Em vez da primeira letra do alfabeto, eles escreveram a última, em vez da segunda - a penúltima, e assim por diante.
Um dos dispositivos criptográficos mais antigos conhecidos é o skitala, também conhecido como a "cifra da antiga Esparta". Skitala (ou scitala do grego σκυτάλη, varinha) é um dispositivo usado para realizar a criptografia de permutação. A skitala consistia em um cilindro e uma estreita tira de pergaminho enrolada em uma espiral, na qual uma mensagem era escrita. Este dispositivo foi inventado pelos espartanos e é conhecido por ter sido usado na guerra de Esparta contra Atenas no final do século 5 aC. e.
