Ainda não há informações confiáveis sobre este assunto. Alguns estudiosos consideram que ele era um ariano turco, originário de Kashgar. Outros historiadores tendem a acreditar que ele era um mongol.
A confirmação de que ele era de origem turca é o fato de que a correspondência com os reis ocidentais Genghis Khan foi conduzida na língua jurássica, e não no mongol. Há também uma pedra chingizita, na qual uma inscrição dos tempos do grande conquistador, também escrita em turco, foi preservada. A partir dessas informações, os cientistas concluem que Genghis Khan escreveu e falou em turco, portanto, era turco. Os filhos de Genghis Khan também foram nomeados na forma turca: Tule, Jochi, Chagatai, Ukitai.
Outros historiadores concordam que ele não pertencia aos tártaros. Ao contrário dos mongóis, os tártaros, assim como seus descendentes modernos, os buriates, calmyks pertencentes aos turcos, eram seus piores inimigos. Quando Genghis Khan tinha nove anos, os tártaros envenenaram seu pai.
A razão para duvidar de sua origem mongol é a descrição de sua aparência: olhos verdes acinzentados, cabelos ruivos. Essas características de aparência são incomuns para os mongóis e o distinguiam muito de seus companheiros de tribo.
Os cientistas também não rejeitam a versão de que Genghis Khan tem raízes cazaques. De acordo com os dados disponíveis, Genghis Khan nasceu (Temirshin - um nome em marcha de "temirshi" - "ferreiro") nasceu em 1155 no território da Mongólia moderna no clã kiyat (o nome do clã cazaque). Traduzido do cazaque, seu nome soa como Shyngyskhan e significa: “shyn” é o pico mais alto das montanhas, “gys” é um raio. O nome completo é traduzido como "cã altamente radiante". Também se sabe que a mãe de Genghis Khan também era de uma família cazaque.
Seu novo nome "Genghis Khan" (ou Khan do Oriente) recebeu em 1206 durante uma reunião geral dos governantes das cidades. Considerando que clãs como: argyn, kiyat, zhalair, merkit, cazaques participaram dessa reunião, e surgiu a opinião de que Genghis Khan pertence aos cazaques. Todas as tribos acima pertencem ao Cazaquistão, de origem mongol. Os mongóis, naquela época, não viviam no território onde Genghis Khan nasceu.
Como uma confirmação de que Genghis Khan não era um mongol, os mongóis nunca tiveram o título de Khan (eles têm um título semelhante chamado Kontaishi). E o título de cã pertencia aos governantes turcos.
A versão de que Genghis Khan era chinês parece ser muito interessante. Na China, até mesmo um mausoléu de Genghis Khan foi erguido, e ele também foi incluído na lista de imperadores honorários da China. Não há prova oficial de que ele seja de origem chinesa.
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